بسیاری تصور می‌کنند مفهوم آزاداندیشی به نوعی با مفاهیمی مانند ساختارشکنی، رادیکالیسم و مانند آن تطابق دارد. مفاهیمی که مخاطب کرسی‌های آزاداندیشی را به سمت موضوعات و برنامه‌هایی می‌برد که آورده خاصی برای صنف، جناح، گروه و یا مدیریت خاص داشته باشد درصورتی که این نگاه با ماهیت آکادمیک که دانشگاه دارد، در تضاد است.
معتمدی گفت:کرسی آزاد اندیشی آیین نامه‌ای داشت که طبق آن دانشجویان در انجمن‌ها و تشکل‌ها برای برگزاری آن باید از طریق کمیته نظارت مجوز اخذ کنند. در دوران مسئولیت بنده در دانشگاه امیرکبیر این اتفاق شاید یک یا دو بار رخ داد ولی بعد از آن درخواستی از سوی دانشجویان برای برگزاری کرسی‌های آزاد اندیشی
کرسی آزاد اندیشی با موضوع “مهاجرت نخبگان و دانش آموختگان حوزه سلامت”توسط سازمان دانشجویان جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی و با همکاری مرکز ملی گفت و گو، مناظره و آزاد اندیشی دانشجویان ایران با حضور استادان، دانشجویان و علاقه مندان این عرصه برگزار شد. به گزارش هوشمند نیوز، به نقل از روابط عمومی جهاد
انعکاس مطالب استاد مهاجرنیا در رسانه‌ها، منتقدانی را به وجود آورده است. از جمله دکترمیثم لطیفی، رئیس سازمان اداری و استخدامی کشوچند روز گذشته در مدرسه «حکمرانی شهید بهشتی» گفته است: «دولت – ملت» الگوی غربی است و ما علی المبنا طرفدار نظام «امت و امامت» هستیم. به همین مناسبت گفت‌وگویی با حجت الاسلام والمسلمین
